在浩瀚的太空中，飞行员约翰遭遇了突发事件，被飞船抛出，坠入了奇异的星际轨道。他跨越1000个星系来到一颗神秘的星球，那里漂浮着地球传说中遥远的“摩亚方舟”飞船，成员来自不同的星球，都是流离失所、无家可归的人。约翰决定加入他们，带领他们寻找地球的道路，但他们没想到，许多外星人和外星生物早已虎视眈眈地盯着地球的路线。在飞行过程中，“莫亚”遭遇了“和平守卫者”的追击，双方几次交手，在一场混战中，“和平守卫者”首领克里斯失去了兄弟，发誓要用一切手段将“莫亚”消灭成一团轻烟的同时，“莫阿”水晶能量装置突然消失，约翰断定是内奸。决定展开反间谍行动。经过多次对抗，“莫亚”粉碎了克瑞斯的暗算，逃了出来。由于核反应堆动力装置破裂。莫亚降落在西卡星球进行紧急维修。无意中，约翰发现了船上隐藏已久的灾难和一个重大暗算经过战斗的洗礼，约翰逐渐成为了真正的领袖，而“摩亚”也慢慢聚集了巨大的能量，击退了几次外星战舰的围攻，“摩亚”士兵一步步向地球进发约翰终于找到了返回地球的方法，成功登陆地球，但此时，地球已不再是他们理想中的家园